馬祖被喻為「閩江口外天上撒下的一串珍珠」，共計有36個大小島嶼，位於台灣海峽西北方（相距211km）、福建省閩江口外東海上，散佈在東經1l9°51‵~120°31‵、北緯25°55‵~26°44‵之間，與大陸僅一水之隔，其中又以高登島距離最近，與福建的北茭半島僅隔9,500m。土地面積共約29.6km2，現隸屬於福建省連江縣，主要大島為南竿（面積l0.43km2）、北竿（面積6.44km2）、東莒 （面積2.64km2）、西莒（面積2.37km2）與東引（面積5.01km2），分屬四鄉，其中東莒和西莒合稱莒北鄉，而南竽是行政中心所在地。

各島的地形以丘陵地為主，山巒起伏而少平地，除南竿的山隴、北竿的坂里與西莒的田沃較平坦外，其餘地區皆層巒疊嶂，陡峰峭壁，尤以南竿雲台山（海拔250m）及牛角嶺，北竿芹山、壁山（海拔295m）最為險峻。各島上山谷集水區狹小，有多座水庫、攔水壩，收集雨季的雨水與地表逕流水。濱海地區多為岩岸，且多為海崖峭壁，叻在少數地點則有沙灘或礫灘地，如位於北竿的坂里沙灘及東莒的福正沙灘。較特別的是在顯礁與大島之間，也有連島的沙灘或礫灘的出現，如在北竿的塘后道沙灘和東、西莒的永留嶼、蛇島的連島礫灘。
   

馬祖氣候
馬祖列島緊倚中國大陸，且面臨太平洋的東海，在這種海洋與陸地相對位置的影響下，形成了季風氣候，而其所處緯度約在北緯26度左右，所以馬祖的氣候屬於亞熱帶海洋型季風氣候。由於馬祖列島四面臨海，受海洋季風影響甚鉅，全年的盛行風為束北風，尤其入秋、冬季，東北季風冷而強勁，風速甚大。馬祖地區四季分明，春秋兩季尚溫瑗，冬夏兩季則溫差懸殊，可達10℃，各月的平均溫度變化大，在8~27℃，最泠月為1月，歷年平均溫度為8.9℃，最暖月則為8月，歷年平均溫度為27.1℃，而年均溫為18.2℃。本區平均年雨量約為l035.2公釐，歷年平均降水日數為l18.7日，而降水日分佈不均，乾濕季明顯。4至6月多梅雨，但雨量不多，夏秋偶有颱風帶來較多的雨水，但因為島嶼面積小，地勢又陡，保留雨水的能力較差，無法有效運用降水，故馬祖各島向來缺水；冬季10月~2月東北季風強盛，但可能因無高山阻擋，雨量不大，是馬祖的乾季。（連江縣文獻委員會，l986；張長義，1998）。