登輪地點基隆西二碼頭客運大樓二樓、南竿福澳港、東引中柱港

台馬輪由台灣往馬祖分「先馬(祖)後東(引)」及「先東(引)後馬(祖)」；晚上 約22:00由基隆港西碼頭出發(約20:00報到)，「先馬後東」於隔日清晨6:00左右先到南竿福澳港再轉往東引中柱港，「先東後馬」於隔日清晨6:00左右先到東引中柱港再轉往南竿福澳港。由馬祖往台灣則反向，亦分先東引中柱港或先南竿福澳港，分別為上午及中午開船，最好事先確定船班及預約船位。

一般單數日先馬後東，雙數日先東後馬，星期一停航

台馬輪開放3日前訂位，須於開航前二小時取票，但因氣候海相及特別因素可能停航（如SARS），出發前最好確認一下，票價：平等艙NT＄550-650 自由艙NT＄800-1200。